东校区位于江苏省苏州市相城区苏仙路28号，拥有较好的教学环境和设施，以及较大的校园面积。而西校区则位于江苏省苏州市姑苏区西园路279号，地理位置较为便利，校园环境和设施也很不错。
两个校区在专业设置上也有所不同，但总体来说，它们都是苏州农业职业技术学院的重要组成部分，为广大学生提供了良好的学习和生活条件。
1.食品科技学院：开设的专业有食品药品监督管理、药品生物技术、食品智能加工技术、药品生产技术等。
2.智慧农业学院：设施农业与装备、计算机网络技术、无人机应用技术、机电一体化技术、计算机应用技术、电气自动化技术、物联网应用技术等。
3.环境工程学院：环境工程技术、水产养殖技术、生态农业技术、环境监测技术等。
4.经济管理学院：现代物业管理、国际经济与贸易、农村新型经济组织管理、跨境电子商务、现代物流管理、连锁经营与管理、大数据与会计、旅游管理、园林工程技术、建筑室内设计、大数据与财务管理、跨境电子商务、园艺技术、休闲农业经营与管理、园林技术、建筑室内设计、大数据与会计、大数据与财务管理、跨境电子商务、园艺技术等。
5.园林工程学院：环境艺术设计、建筑室内设计、园林技术、数字媒体艺术设计、风景园林设计、园林工程技术、建筑室内设计、大数据与会计、大数据与财务管理、跨境电子商务、园艺技术等。
6.园艺科技学院：现代农业技术、茶艺与茶文化、园艺技术、休闲农业经营与管理等。
此外，还有一些被认定为高水平专业群、骨干专业、重点建设专业、创业教育示范专业、特色专业、品牌专业以及“十二五”高校重点专业群的专业，如园林技术、生态农业技术、作物生产技术、食品加工技术等。
苏州农业职业技术学院有两个校区，分别是崇仁校区和园区校区。崇仁校区位于苏州市崇仁镇，占地面积较大，校园环境优美，设施齐全。
园区校区位于苏州工业园区，相对于崇仁校区来说更加现代化，教学设备更为先进，校园规模也更大。