负有安全生产监督管理职责的部门依法对存在重大事故隐患的生产经营单位作出停产停业、停止施工、停止使用相关设施或者设备的决定，生产经营单位应当依法执行，及时消除事故隐患。生产经营单位拒不执行，有发生生产安全事故的现实危险的，在保证安全的前提下，经本部门主要负责人批准，负有安全生产监督管理职责的部门可以采取通知有关单位停止供电、停止供应民用爆炸物品等措施，强制生产经营单位履行决定。通知应当采用书面形式，有关单位应当予以配合。
负有安全生产监督管理职责的部门依照前款规定采取停止供电措施，除有危及生产安全的紧急情形外，应当提前二十四小时通知生产经营单位。生产经营单位依法履行行政决定、采取相应措施消除事故隐患的，负有安全生产监督管理职责的部门应当及时解除前款规定的措施。
企业查出重大隐患后应采取以下措施进行处理：
1. 制定整改方案：企业应根据隐患的具体情况，制定可行的整改方案，明确整改措施、责任人员、整改时间等。
2. 立即整改：对于能够立即整改的隐患，企业应立即采取措施进行整改，避免隐患进一步扩大。
3. 限期整改：对于不能立即整改的隐患，企业应制定整改计划，并在规定的时间内完成整改。
4. 加强监控：在整改期间，企业应加强对隐患的监控，确保隐患不会再次发生。
5. 加强培训：企业应对员工进行培训，提高员工的安全意识和隐患排查能力，避免再次发生类似的隐患。
6. 及时报告：企业应及时向有关部门报告重大隐患的情况，并接受有关部门的指导和监督。
总之，企业查出重大隐患后，应高度重视，采取有效措施进行整改，并加强监控和培训，确保隐患得到彻底消除。