乌龟有水霉的处理方法有：加温与干养、使用药物治疗。加温与干养这一防治方法的原理其实是利用水霉菌惧怕高温和嗜水的特性。
水霉病的发病频率与温度高低有直接联系，通常水霉菌在13-18℃的温水中繁殖旺盛。但是一旦水温高于26℃，水霉菌就会得到抑制。
建议宠主将水温控制在28-30℃左右，保持恒温，直到水霉脱落，一般需要一周左右。注意提高水温时，应该以每天2℃左右的幅度缓慢提升温度。
如果出现乌龟水霉的情况，需要尽快采取措施进行处理，而不是等待其自行消失。乌龟水霉是由水中细菌和藻类长时间堆积积累形成的，它会吸附在乌龟身上，导致其皮肤变得浑浊，严重情况下会引起真菌感染并导致乌龟死亡。
要处理乌龟水霉，首先要清理水族箱的水质，定期更换或清洗过滤器、过滤棉等过滤设备，保持水族箱的水质清洁新鲜。其次可选用一些针对乌龟水霉的药物，如强力杀菌剂、青娥丹等进行治疗。同时还要注意给乌龟提供良好的水质和生活环境，避免室内温度过高或过低，做好乌龟的喂养和洗澡等日常护理工作。
乌龟患了水霉病的治疗方法有以下几种：
A、用食盐250克加小苏打250克混合液泼洒于100厘米x55厘米x45厘米的鱼缸，坚持数次，效果显着。
B、在100千克水中溶解孔雀石绿0.3克或次甲基蓝，浸洗身体10~20分钟，数日后可见菌丝脱落。
C、2%-3%的盐水浸洗，每天一次，每次5-10分钟。
D、百万分之二（2ppm）的高锰酸钾加上1%的盐水混合后将病鱼浸泡20-30分钟。
E、提高水温以抑制水霉的生长。并且可用一盏15瓦的紫外线灯每日照射数小时可有效的抑制和消灭水霉菌。