底滤第一个仓通常放的是生物滤材料，例如红色硅藻土、生化棉或者其他极具孔隙结构的材料。这些材料可以作为极好的生物滤材料，提供生命所需的空气和鱼缸底部有活性的细菌群落。这些细菌有助于分解有害物质和废物成为安全的化合物，帮助维持水质清洁而健康。
此外，生物滤材料的多孔结构也有助于增加微生物的生长表面面积，从而增加底层活性微生物的数量和种类，更好地支持生态系统的平衡和绿色环保。
底滤的大鱼缸水循环增氧效果一般不够。
底滤的大鱼缸水循环可以增加鱼缸中水的氧气含量，同时也可以增加水体的气体交换速度，有利于水质的改善，不过整体的增氧量不大，对于大部分鱼类来说足够，但一些大型鱼还是需要专门的充氧设备。