益生菌可以选择饭后20~30分钟服用，在服用的时候，尽量37度以下的温开水冲服。
益生菌尽量低温冷藏或者恒温25℃干燥保存。如果是冷藏，取出之后需要直接食用，不可高温加热，因为益生菌的活性会随着温度升高而提升并进入发酵过程，且容易造成产品口味变化。当温度超过60度时，益生菌会进入衰亡阶段，起不到应有的调节肠道菌群的功效。
益生菌风味发酵乳是一种通过添加益生菌（有益细菌）发酵而成的乳制品。常见的益生菌风味发酵乳包括：酸奶：由益生菌发酵牛奶制成，具有酸甜和奶油质地。
开菲尔：发酵牛奶制成的发酵饮料，含有益生菌菌株，质地呈粘稠状，带有轻微的酒精味。
康普茶：由甜茶发酵制成，含有益生菌和酵母菌，味道清爽，略带酸味。
姜汁啤酒：由姜、糖和益生菌发酵制成，具有浓郁的姜味和辣味。
酸菜汁：由卷心菜发酵制成，含有乳酸菌，酸味浓郁。
不建议加热喝，益生菌奶中对有人体营养保健作用的成分和其它大多数细菌一样很怕热，超过70度时就很可能被杀灭，而失去其应有的营养价值。
因此，在食用前最好不要加温，这样既可保持其营养成分，又可尝所特有的风味。
但如果天气过于寒冷或是较小的儿童食用的话，为了防止温度低带来的不适，可以把放在温水盆内几分钟进行加温，但须注意的是，水温不宜超过正常人的体温，否则就会降低的营养价值。