北京6年制小学与山东5年制小学在教育体制、课程设置、教学方法等方面存在一定的差异。

首先，从教育体制来看，北京市实行的是6年制小学教育，即小学阶段分为6个年级，学生从一年级开始接受小学教育，到六年级结束。而山东省实行的是5年制小学教育，即小学阶段分为5个年级，学生从一年级开始接受小学教育，到五年级结束。这种教育体制的差异可能会导致两地在教育目标、教学内容、教学方法等方面有所不同。

其次，从课程设置来看，北京市和山东省的课程设置可能存在差异。由于北京市实行的是6年制小学教育，因此其课程设置可能更加注重知识的系统性和连贯性，同时也可能更加注重学生的综合素质培养。而山东省实行的是5年制小学教育，其课程设置可能更加注重实用性和应用性，同时也可能更加注重学生的实践能力和创新精神的培养。

此外，从教学方法来看，北京市和山东省的教学方法也可能有所不同。北京市的小学教育可能更加注重启发式教学、探究式教学等现代化的教学方法，强调学生的主体性和自主性，注重培养学生的创新能力和实践能力。而山东省的小学教育可能更加注重传统的教学方法，如讲授式教学、机械记忆等，强调学生的基础知识和基本技能的掌握。

综上所述，北京6年制小学与山东5年制小学在教育体制、课程设置、教学方法等方面存在一定的差异。这些差异可能会导致两地在小学教育质量、学生综合素质等方面有所不同。然而，随着教育改革的不断深入和教育资源的不断优化，两地在小学教育方面的差异也在逐渐缩小。