合租入住时间不一样算水费的方法如下：
按天数计算。根据每个人入住的天数，以及总的水费，按比例分摊计算。比如，一共有甲乙丙三人，甲居住10天，乙居住20天，丙居住30天，共消耗水费100元。则甲分摊水费=100÷（10+20+30）×10=16.67元，乙丙同理。
按人头平均分摊。即不考虑入住时间，直接将总水费平均分摊到每个人头上。
如果合租者之间对分摊水费有异议，也可以进行协商，或者安装独立水表来解决。
两室一厅合租，如果分摊两个卧室厅不住人的话，那么主卧要承担55%的房租。如果这两个卧室都是南向的，那么主卧是带阳台的，稍微大一点。所以主卧要分担55%的房租，次卧要分担45%的房租。
如果两个卧室是南北走向的，那么主卧要分担60%的房租。次卧也就是北卧室，要分担40%的房租。
如果合租入住时间不一样，应根据实际入住天数来计算水费。一般来说，水费是按月度计算的，所以需要统计每个入住人员的实际入住天数并换算成月度。然后将每个人的月度水费累加起来，再根据实际用水量进行平分。
比如，如果三个人入住了整个月，而另一个人只入住了20天，那么他应该只承担20/30的水费。这样的计算方法合理公平，能够最大程度地减少不必要的纠纷和不公。