孕妇使用肝素治疗的费用在一定条件下是可以通过医保报销的。具体情况如下：

1. 孕妇使用肝素治疗的费用需要在医院开出需要的费用清单，并保留好原始的收费发票等相关单据。

2. 孕妇使用的肝素种类需要是国家、省、市认可，并经医生开具用药处方。

3. 孕妇在进行肝素治疗期间需要在医院开具病历，并保持好病历档案。

4. 孕妇使用肝素的费用在医保的报销范围内，可以按照相应比例进行报销。

需要注意的是不同城市和地区的医保政策和报销比例可能有所不同，建议您咨询当地的医保机构或医院进行详细了解和规划。