因为飞行员在夜间飞行的时候，即使经验非常充足，而且对于航线也非常熟悉，事实上，也有可能会因为夜里的天气原因等一些情况，导致看不清楚的现象出现，这样一来，飞机的起落也就自然会存在一定的安全隐患了。
此外，研究也发现，夜间飞行对于飞行员来说，他们的精力、决断能力等情况，也都要比白天飞行的时候差，特别是突然出现意外情况的时候，也是有可能会出现反应不过来的情况，这也是属于安全隐患的一种。
再加上并不是所有的机场，都为了“红眼航班”的到来做足了充分的准备，特别是机场夜间的硬件设置上，因此，一旦机场夜间设施方面也是存在着不足，同样也会出现安全隐患，所以，诸多因素加在一起，也就成了“红眼航班”并没有那么安全的原因。
红眼航班通常在午夜后开始起飞，这个时间点明显不符合大多数人的正常休息模式，因此这些航班的机票价格通常较为便宜。当旅客在凌晨抵达目的地时，大多数人都会昏昏欲睡，字面上看，他们的眼睛可能会红肿，因此被称为红眼航班。
中国民航在2002年5月11日发布规定取消所有红眼航班，其原因主要出于安全的考虑：
- 能见度低，事故率高。多次隐藏的空难是乘客发现发动机冒烟或者机翼后有彩虹，外面很黑的啥都看不见，所以很难发现未知空难。
- 地面跟机上人员睡眠不足，人体自身的避险体能反应下降，突发事件处理判断能力下降。