昌吉州最大的县是昌吉市。
昌吉市是昌吉州的政治、经济、文化和交通中心，是全州最大的城市。截至2020年，昌吉市总人口为62.1万人，是昌吉州人口最多的县级行政区。昌吉市是新疆维吾尔自治区的历史文化名城，拥有众多的历史文化遗迹和旅游景点，如巩留县博物馆、五龙口文化遗址、红山古墓群等。
昌吉州下辖有昌吉市、阜康市、呼图壁县、吉木萨尔县、玛纳斯县、奇台县、木垒哈萨克自治县等7个市县。其中，人口最多的是昌吉市，根据最新数据显示，昌吉市人口数量为约80万人，是昌吉州人口最多的地区。昌吉市作为州府城市，拥有较为发达的经济和文化，吸引了大量人口聚集于此。同时，昌吉市也是昌吉州的政治、经济、文化和交通中心，人口密集度较高，也是州内重要的城市之一。