独栋别墅的院子里一般不可以盖房子。根据我国的法律规定，未经城市规划行政主管部门批准，在住宅室内装饰装修活动中搭建建筑物、构筑物的行为属于违章建筑，可能会受到相关法规的处罚。因此，在独栋别墅的院子里盖房子需要获得城市规划行政主管部门的批准，否则可能被视为违建。

然而，实际情况可能会因地区和具体规定而有所不同，建议咨询当地的城市规划行政主管部门或房地产专业人士，了解具体的规定和要求。在进行任何建筑活动之前，务必确保遵守相关法律法规，以避免可能的法律风险和不必要的麻烦。